หลังจาก Let's Encrypt ประกาศเลิกทำ cross-sign จาก IdenTrust แล้วใช้ ISRG Root X1 ของตัวเองเป็น root CA ที่ระบบปฎิบัติการของไคลเอนต์ต้องเชื่อถือ แต่ระบบปฎิบัติการเก่าโดยเฉพาะแอนดรอยด์ที่เก่ากว่าเวอร์ชั่น 7.1.1 จะไม่เชื่อถือใบรับรอง ตอนนี้ทาง Let's Encrypt ก็ออกแนวทางใหม่ออกมา ทำให้ใบรับรองหลังจากนี้สามารถใช้กับอุปกรณ์รุ่นเก่าได้ต่อไป

Let's Encrypt ผู้ให้บริการออกใบรับรองเว็บฟรีประกาศว่าตั้งแต่ 1 กันยายน 2021 เป็นต้นไปใบรับรองของ Let's Encrypt จะไม่ได้รับการ cross-sign โดย IdenTrust อีกแล้ว ทำให้เบราว์เซอร์เก่าที่ไม่ได้ใส่ใบรับรอง ISRG Root X1 เอาไว้ในระบบจะมองว่าใบรับรองจาก Let's Encrypt ไม่น่าเชื่อถืออีกต่อไป

Let's Encrypt ประกาศเพิ่ม Root CA และ Intermediate CA ชุดใหม่สำหรับใช้ลายเซ็นดิจิทัลแบบ ECDSA P-384 ที่มีขนาดกุญแจสาธารณะเพียง 48 ไบต์ และขนาดลายเซ็น 96 ไบต์ เทียบกับ RSA-2048 ที่มีขนาดกุญแจสาธารณะถึง 256 ไบต์ และขนาดลายเซ็น 400 ไบต์ ทำให้ใบรับรองแต่ละใบที่มีทั้งกุญแจสาธารณะและลายเซ็น จะมีขนาดลดลงประมาณ 350 ไบต์

Root CA ตัวใหม่จะใช้ชื่อ "ISRG Root X2" ได้รับรองจาก "ISRG Root X1" ที่ได้อยู่ในฐานข้อมูลส่วนมากอยู่แล้ว โดย Root CA ใหม่จะมีอายุถึงปี 2040 แต่การออกใบรับรองจริงจะใช้ Intermediate CA สองตัว ได้แก่ Let's Encrypt E1 และ Let's Encrypt E2 ที่มีอายุ 5 ปี