หลังจากที่เริ่มปฏิบัติงานบางส่วนแล้ว คอมพิวเตอร์ส่วนหนึ่งของ Large Hadron Collider ก็โดนจู่โจมโดย Hacker กลุ่มที่เรียกตัวเองว่า GST: Greek Security Team

การจู่โจมในครั้งนี้มุ่งไปที่เว็บไซต์ cmsmon.cern.ch (ตอนนี้แก้ไขหายแล้วครับ) โดยเว็บดังกล่าวอยู่ในระบบคอมพิวเตอร์ของการทดลอง Compact Muon Solenoid (CMS) ซึ่งถึงแม้จะไม่ถึงตัวคอมพิวเตอร์ที่ควบคุมตัวเครื่องโดยตรง แต่ก็ทำให้นักวิทยาศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกังวลเป็นอย่างมาก เนื่องจากแสดงให้เห็นว่าระบบ CMS นั้นสามารถ hack ได้ ล่าสุดทีมวิจัยได้วิเคราะห์แล้วว่าไม่มีการติดตั้งโปรแกรม backdoor ใดๆ ลงไปในเครื่องที่ถูกจู่โจมดังกล่าว