ถ้าเป็น php นะ

• trim เอา best_ ออกก่อน
• ใช้ explode แตกออกมาเป็นอาเรย์
• ใช้ intval หรือ substr ตัดเอาเฉพาะตัวเลข
• สุดท้ายก็เก็บไว้ในอาเรย์ชุดหนึ่ง หรือจะ echo ออกมาเลยก็ได้ครับ

ซับซ้อนนิดนึง แต่คงจะใช้ได้นะครับ ท่านผู้รู้ที่มีความคิดเจ๋งกว่าก็แนะนำดูนะครับ ^^

code คงประมาณนี้

<?php
	$file="filelists.txt";
	$hour=$min=$sec=array();
	$file_array=file($file);//อ่านไฟล์เข้ามา
	$i = 0;
	foreach ($file_array as $line) {//อ่านทีละบรรทัด
		//best_H1_M1_S1.out
		list($hour[$i],$min[$i],$sec[$i]) = explode('_', substr($line,5));//เอา best_ ออก แล้วแตกเป็นอาเรย์
	$hour[$i] = intval(substr($hour[$i],1));
	$min[$i] = intval(substr($min[$i],1));
	$sec[$i] = intval(substr($sec[$i],1,-4));
	$i++;
}
unset($file_array);  //ล้างที่คืน จะได้ไม่เป็นภาระของลูกหลาน...
echo 'H = '; echo implode(',', $hour); echo '\n';
echo 'M = '; echo implode(',', $min); echo '\n';
echo 'S = '; echo implode(',', $sec); echo '\n';
unset($hour); unset($min); unset($sec); //ล้างที่คืน จะได้ไม่เป็นภาระของลูกหลาน...
?>

ปล.เพิ่มการ substr เข้ามาครับ เพิ่งเห็น -_-"

{syntaxhighlighter PHP}<?php
$file="filelists.txt";
$hour=$min=$sec=array();
$file_array=file($file);//อ่านไฟล์เข้ามา
foreach ($file_array as $line) {//อ่านทีละบรรทัด
//best_H1_M1_S1.out
if(preg_match('#best_H([0-9]+)_M([0-9]+)_S([0-9]+)#', $line, $matches))
{
//print_r($matches);
$hour[] = $matches[1];
$min[] = $matches[2];
$sec[] = $matches[3];
}
}
unset($file_array); //ล้างที่คืน จะได้ไม่เป็นภาระของลูกหลาน...
echo 'H = '.implode(',', $hour).'\n';
echo 'M = '.implode(',', $min).'\n';
echo 'S = '.implode(',', $sec).'\n';
unset($hour); unset($min); unset($sec); //ล้างที่คืน จะได้ไม่เป็นภาระของลูกหลาน...
?>{/syntaxhighlighter}

มั่นใจว่า regex เขียนไม่ผิด แต่หวังว่า $matches ผมจะเขียนอ้างอิงถูก ถ้าใช่ไม่ได้ลองเอาคอมเมนต์ print_r ออกดูค่าเองละกัน

แบบสั้นๆ (ฟังค์ชั่นเหล่านี้มันมากับ PHP มีก็ใช้มันเลย)

<?php
    $file="filelists.txt";
    $file_data=file_get_contents($file);
    preg_match_all('#best_H([0-9]+)_M([0-9]+)_S([0-9]+)#', $file_data, $matches);
    unset($file_data);  //ล้างที่คืน จะได้ไม่เป็นภาระของลูกหลาน...
    echo 'H = '.implode(',', $matches[1]).'\n';
    echo 'M = '.implode(',', $matches[2]).'\n';
    echo 'S = '.implode(',', $matches[3]).'\n';
?>

แบบโครตสั้น (เขียนแล้วเข้าใจทีเดียว อีก 1 เดือนมาดูอีกมีงง)

<?php
    preg_match_all('#best_H([0-9]+)_M([0-9]+)_S([0-9]+)#', file_get_contents('filelists.txt'), $matches);
    echo 'H = '.implode(',', $matches[1]).'\nM = '.implode(',', $matches[2]).'\nS = '.implode(',', $matches[3]).'\n';
?>

ตัดเอาแบบสั้นๆนะครับ

import collections
def split_by_underscore(text):
    return str.split(text[5:13],'_')

#สมมุติว่าอ่านไฟล์มาเป็น list แล้ว
a = ['best_H1_M1_S1.out', 'best_H1_M1_S2.out', 'best_H1_M1_S2.out']
print collections.Counter(sum(map(split_by_underscore,a),[]))

กรรม อ่านโจทย์ผิด เดี๋ยวดึกๆมาแก้เพิ่ม

ถ้าเป็น file processing แนะนำทำผ่าน shell script มากกว่า

ls -1 |
sed 's/best//;s/\.out//;s/_./ /g' |
awk 'BEGIN{ c[1]="H="; c[2]="M="; c[3]="S=" }
{ for (i in c) c[i] = c[i] $i "," }
END{ for (i in c) print c[i] }'