ปกติถ้าเขียนด้วย JS จะรับประกันได้ครับว่าสามารถทำงานได้ทุก platform โดยผู้ใช้ไม่ต้องลง plugin เพิ่ม (ถ้าเขียนตามมาตรฐานนะครับ)

ถ้าคิดว่าเป็น app ที่กลัวคนเห็น logic เด็ดๆ ที่เป็น feature เทพๆ ก็ให้ทำ ajax ส่งข้อมูลไป server ให้ php,asp.net,jsp, nodejs เป็นตัวคำนวนให้แล้วส่งแค่ผลกลับมาครับ

หรือลองใช้ software ทำ Obfuscation เพื่อให้ code อ่านยากขึ้นครับ (แต่ถ้าพยายามหน่อยก็ถอดออกมาได้อยู่ดี)

ผมไม่แนะนำให้ไปใช้ plugin อื่น อย่าง flash, java applet, silverlight ซึ่งทำงานบน mobile ไม่ได้ครับ

มีครับ ผมทำอยู่แต่ยังไม่เสร็จเลย 55 เรื่อง code ไม่ต้องหวงหรอกครับ แอพดังๆ จากบริษัทที่ protect เต็มรูปแบบมี พนง.หลายร้อยคน ก็มีเพ่นพ่านให้โหลดฟรีครับ -..-' ทำให้ดีที่สุด คิดไปที่ฟีเจอร์หรือ content จริงๆ ของแอพ แล้วมุ่งพัฒนาไปเลยดีกว่าครับ