สรุปแล้วไม่มีทางแก้ปัญหานี้ได้เลย แต่ด้วยความที่ว่าเข้าสู่ช่วงว่างงานแล้วคึก Distro Hop อีกครั้ง (แล้ว Elementary OS ก็ทรยศได้อย่างน่าเจ็บใจมาก) เลยได้ลองกลับมาแก้ปัญหานี้อีกครั้ง

แทบจะทุกแอปพลิเคชัน Flatpak นั้น ไม่มีแอปไหนยอมอ่าน fontconfig ของระบบเลย ต้องเอามาเองเท่านั้น บางคนเคลมว่าไม่ใช่บั๊ก แต่เป็นข้อจำกัดของ Flatpak เอง (ความเห็นส่วนตัว: ถุย) วิธีแก้คือต้องคัดลอก fontconfig ของระบบ "ไปไว้ทุกแอปที่ใช้งาน" โดยปกติจะอยู่ที่ /etc/fonts ให้คัดลอกมาทั้งโฟลเดอร์เลย แล้วเอาไปไว้ ~/.var/app/ชื่อแอป/config/ (ถ้าไม่มีโฟลเดอร์ไหนก็สร้างขึ้นมาเอง) แล้วก็เปลี่ยนชื่อโฟลเดอร์ที่เพิ่งคัดลอกมา เช่นจาก fonts เป็น fontconfig เป็นอันเสร็จสิ้น

ถ้าอยากสะดวกกว่านี้ หรือคัสตอมไว้ ก็ใช้ Symlink ไปยังโฟลเดอร์นั้น แล้วให้ Flatseal อนุญาตโฟลเดอร์ fontconfig ของเราไว้เป็น Read-only สำหรับ Global Config เป็นอันจบกระบวนการ

ปล. มีคนทำ Automated Script ไว้แต่ขี้เกียจเอามาลงตอนนี้