เมื่อคืนมีน้องคนหนึ่งโพสไว้ที่ พันทิป/หว้ากอ
ว่าอยากจะปรึกษาเกี่ยวกับ Bioinformatic ผมก็แนะนำที่นี้ให้แล้ว
แต่ว่าเธอก็ไม่เข้ามาถามเพราะเห็นว่าที่นี้เป็นสายวิทย์คอมกันเสียเป็นส่วนใหญ่
จะถามน้องผมคนที่เคยไปเรียนเมกาด้าน Molecular Biology ให้มันก็ไม่อยู่ครับ
เลยเอามาถามให้แทนแล้วกัน ไหนๆก็ไปรับปากว่าจะช่วยแล้ว
คำถามประมาณนี้นะครับ ถ้ามีผู้ใดพอจะแนะนำได้ก็ช่วยนิดนึงแล้วกันนะครับ
พอดีว่าต้องทำ Thesis เกี่ยวกับ microbiology แล้วสงสัยว่าถ้าเราทำ complete alignment แล้วจะใช้ show %identity ของแต่ละคู่ต้องทำไงค่ะ --->ต้องใช้ program อื่นเข้ามาช่วยอีกรึเปล่า--->ตอนนี้ใช้ BioEdit กับ ClustalX2
ฝากนิดนึงนะครับ
ดูจากคำถามแล้วไม่น่าจะมีอะไรซับซ้อนแค่เป็นปัญหาเกี่ยวกับการใช้ Tool
ที่จริงก็น่าจะหาเองได้อยู่แล้ว แต่ผมก็ไม่เคยเห็น Tool พวกนี้ด้วยสิ เลยตอบไม่ได้
ผมตอบได้แ
kittipat Mon, 20/07/2009 - 19:06
ผมตอบได้แต่ว่าแต่ละโปรแกรมอาจจะ align ออกมาไม่เหมือนกัน แล้วก็ขึ้นอยู่กับ Scoring Matrix ที่ใช้ด้วย
Bioinformatics ใช้ตอบคำถามไม่ได้ทั้งหมดครับ ต้องเช็คหลายๆวิธีถึงจะสรุปได้
อย่างอื่นให้ไปหาอ่านเอาเองครับ ทำ Thesis ยังไงก็ต้องอ่าน ไม่งั้นก็ไม่มีอะไรไปเขียน
ใช้ BLAST จาก
ZetaSolid Tue, 21/07/2009 - 19:52
ใช้ BLAST จาก NCBI ก็พอแล้วครับ
ไม่ต้องใช้ tool อื่น ถ้าน้องงง แนะ
นำให้ปรึกษาอาจารย์หรือพี่ๆ นะครับ
ไมแน่ใจว่าใช้ BIF-7 รึเปล่านะนี่
น้องคนนั้น
ปรกติรายง
Nozomi Wed, 22/07/2009 - 00:32
In reply to ใช้ BLAST จาก by ZetaSolid
ปรกติรายงาน % identity ก็ใช้แค่นี้เหมือนกันแหละครับ แหะๆ
เข้าใจว่าถ้าจะทำเป็นจริงเป็นจัง มันต้องมีอะไรลึกซึ้งมากกว่านี้แหงมๆ
ใช้ HMMER (hidden
paepod Tue, 21/07/2009 - 23:30
ใช้ HMMER (hidden Markov models) ก็ได้นะครับ
http://hmmer.janelia.org/
http://www.cs.huji.ac.il/labs/compbio/hmmerhead/
จากที่เคยลองใช้มา Blast ทำงานเร็วดี
แต่ผมเขียน Perl คู่ HMMER
complete alignment
balloonp Thu, 23/07/2009 - 14:04
complete alignment นี่หมายถึง complete genome alignment หรือเปล่าครับ อยากจะทราบรายละเอียดของปัญหาครับ
เช่น เป็น โปรตีนหรือดีเอนเอ, alignment เพื่อที่จะต้องการดูอะไร จะได้ช่วยได้ถูกครับ